NCBI上传序列命令行工具,aspera_cli

在生物信息学领域，NCBI（National Center for Biotechnology Information）是全球最重要的生物科学数据库和研究资源之一。其中，SRA（Sequence Read Archive）是NCBI维护的一个大型数据库，用于存储高通量测序产生的原始数据。为了方便科研人员上传大规模的测序数据到SRA，NCBI提供了一个命令行工具——aspera-cli。 Aspera是由IBM开发的一种高速数据传输技术，它利用了TCP/IP协议栈中的闲置带宽，尤其在上传和下载大量数据时，其速度远超传统的FTP或HTTP方式。在生物信息学应用中，aspera-cli是Aspera Connect软件的命令行版本，它使得用户能够高效地将测序数据传输到SRA，从而节省大量的时间和网络资源。 使用aspera-cli上传数据到SRA的步骤主要包括以下几点： 1. **安装Aspera CLI**: 你需要从IBM官方网站下载并安装Aspera Connect，其中包括aspera-cli工具。安装过程中会生成一个名为`ascp`的命令行工具，它是aspera-cli的核心组件。 2. **获取Aspera密钥**: 在使用aspera-cli之前，你需要创建一个Aspera的认证密钥对，包括公钥和私钥。公钥需要上传到NCBI，以便服务器验证你的身份，而私钥则保存在本地，用于数据传输时的身份验证。 3. **配置Aspera**: 创建一个配置文件（如`.aspera.conf`），在其中设置你的Aspera连接参数，包括你的Aspera访问密钥、目标服务器地址等信息。 4. **数据准备**: 将你的测序数据整理成SRA可接受的格式，通常为FASTQ或BAM文件。这些文件可以是单端测序数据，也可以是双端测序数据，取决于你的实验设计。 5. **上传数据**: 使用`ascp`命令上传数据。基本格式为： ``` ascp -QT -l <bandwidth> -i <private_key> <source_file> <destination> ``` 其中，`-QT`选项用于指定传输模式，`-l`用于限制带宽使用，`-i`用于指定私钥文件，`<source_file>`是你要上传的数据文件，`<destination>`是目标位置，对于SRA，通常是`user@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:path/to/submit/dir`。 6. **提交元数据**: 数据上传完成后，你需要通过SRA的Webin提交工具或使用`sra-instant-submitter`（如果已安装）提交元数据，这些信息包括实验设计、样本信息等，以使数据可被搜索和引用。 7. **等待审核**: NCBI的工作人员会对提交的数据进行审核，确认无误后，数据会被正式纳入SRA数据库。 8. **获取Run Accession号**: 审核通过后，你会收到一个Run Accession号，这标识了你的数据在SRA中的唯一位置，可用于后续的研究引用。 在实际操作中，你可能需要根据NCBI的最新指南调整一些具体细节，例如更新Aspera版本，或者在遇到网络问题时调整传输参数。通过使用aspera-cli，科研人员可以更高效地将海量生物数据上传到SRA，为全球的生物信息学研究做出贡献。