テレビアニメ「忍たま乱太郎」の劇場版で、ファンの間で高い人気を誇る「小説 落第忍者乱太郎 ドクタケ忍者隊 最強の軍師」を劇場版アニメ化した本作は、改めて土井先生と忍術学園の生徒たちとの強い絆が伝わってきて胸熱になる。
タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門との決闘に向かった土井先生が消息を絶ってしまう。
山田先生と6年生が捜索を開始する一方、担任不在の1年は組では、タソガレドキ忍軍の忍び組頭・雑渡昆奈門と尊奈門が教壇に立つことになる。
そんな中、きり丸は偶然にも、土井先生の置かれた状況を知る。
やがて土井先生を探す6年生の前に、ドクタケ忍者隊の冷徹な軍師・天鬼が出現するが、その顔は何と土井先生と瓜ふたつだった。
アニメシリーズの初代キャラクターデザインを手がけた藤森雅也さんが監督を務め、原作小説の著者でテレビシリーズの脚本も手がけてきた阪口和久さんが脚本を担当した本作では、乱太郎役の高山みなみさん、きり丸役の田中真弓さんらお馴染みのキャストが集結し、アイドルグループ「なにわ男子」が主題歌およびテーマ曲「勇気100％」の歌唱を担当し、メンバーの大西流星さんと藤原丈一郎さんがゲスト声優として参加している。
果たして乱太郎たちは、土井先生を取り戻すことが出来るのか？
