XVIe siècle...
Si au Moyen Âge, la tour d'Hercule servait de forteresse et de source de matériaux de construction, à partir du XVIe s., un lent processus de conservation et de rétablissement de sa fonction de phare voit le jour. Au XVIe s., la tour, connue sous le nom de Castillo Viejo ou de Torre del Faro, continue d'être, en raison de sa position avancée sur l'océan, une tour de guet pour avertir d'éventuelles menaces et attaques venant de la mer. Ce poste de surveillance se trouve sous la responsabilité de la mairie de la ville, qui rémunérait les personnes qui exerçaient cette fonction de jour comme de nuit. D'après les fouilles réalisées et les documents conservés, il semble qu'à ce moment, la tour ait été entourée par une petite tranchée et un parapet de protection complété par des barbelés. La surveillance de la tour était effectuée par des marins ou des retraités de la marine, dont des restes de pipes en céramique blanche et de plaques d'os avec les trous ronds faits pour obtenir des boutons ont été trouvés, témoignages de leurs activités quotidiennes au pied de la tour.
À cette époque, la mairie de La Corogne commence également à protéger la tour. Elle interdit en 1553 l'extraction de parpaings et pierres, ordonnant de réparer les défauts qui menacent la structure et les escaliers en bois qui donnaient accès à la base de la tour.
XVIIe siècle...
Si au Moyen Âge, la tour d'Hercule servait de forteresse et de source de matériaux de construction, elle récupère sa fonction de phare à la fin du XVIIe s.
C'est à la fin du XVIIe s. que la tour d'Hercule récupère sa fonction de phare. En 1684, le gouverneur et le capitaine général du royaume de Galice, le duc d'Uceda, ordonnent de construire un escalier intérieur en bois donnant accès à la partie supérieure de la tour. Pour cela, les voûtes en berceau qui séparaient les trois étages de la tour ont été percées. Sur la face nord de la partie supérieure, un petit balcon a été installé pour faciliter la surveillance.
Profitant du nouvel accès, les consuls d'Angleterre, de Hollande et de Flandres ont proposé de construire, à leur charge, deux petites tours en pierre en haut de la tour, chacune avec son réverbère pourvu de trois lampes à huile devant être allumées toutes les nuits pour aider à naviguer. La tour a récupéré sa fonction primaire de phare après que les travaux eurent été autorisés par le duc d'Uceda et réalisés par l'architecte de La Corogne Amaro Antúnez. Afin de financer sa construction et le maintien des deux réverbères, une nouvelle taxe a été créée à destination des bateaux qui approvisionnaient les ports de Galice.
XVIIIe siècle...
Peu de temps après, les réverbères se sont avérés insuffisants. Au XVIIIe s., il a été tenté à plusieurs reprises d'améliorer et de réparer la tour: en vain. Progressivement, les conditions ont empiré: tout d'abord, l'un des réverbères a cessé de fonctionner puis, en 1769, un éclair a détruit celui qui restait. De façon temporaire et pour remplacer celui qui avait été détruit, trois réverbères portables ont été installés. Mais il était impossible d'allumer en période de mauvais temps. La détérioration constante de la tour et la possibilité d'écroulement rendaient nécessaire la réalisation d'importantes réparations, mais le manque de ressources empêchait de les mettre en œuvre.