逆境农业研究重庆市重点实验室由重庆市科学技术局于2008年批准依托我院建设,以创新能力建设专项下达,2013年1月完成全部建设任务并通过专家验收、正式运行。实验室主任由农科院院长苟小红研究员兼任。拥有集中、固定实验室面积2340平方米、仪器设备480余台/套(原值约1600万元),其中20万元以上大型科研仪器设备19台/套。
实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制,面向院内外科技人员全面开放,以充分发挥实验室平台的科技支撑作用,先后为研究水稻、玉米、蔬菜、果树等院内外研究单位的科研课题组提供创新研究平台及技术支撑,与中国农科院作科所、东北农大、吉林农科院等建立了转基因玉米协同创新课题组,联合开展抗虫抗除草剂转基因玉米研究并取得良好进展,与重庆大学、重庆师范大学、云南大学等合作开展研究生培养。